Jacques Follorou a commencé sa carrière de journaliste, en 1993, au Canard enchaîné où il découvre, notamment, la problématique corse alors plongée en pleine guerre fratricide entre groupes nationalistes. En 1996, il rentre au Monde pour travailler sur les affaires judiciaires, en particulier celles relatives au financement de la vie politique et à la corruption internationale.
Le 6 février 1998, après l'assassinat, à Ajaccio, du préfet Claude Erignac, il est chargé de suivre le terrorisme corse, l'enquête Erignac et bientôt la dérive de son successeur, le préfet Bernard Bonnet. À partir de 2000, il étend ses investigations vers le pouvoir criminel insulaire et son emprise sur l'île. Travail qu'il poursuit toujours aujourd'hui en s'efforçant de définir la spécificité du phénomène mafieux corse.
Fin 2001, après les attentats du 11 septembre perpétrés, aux États-Unis, à New-York et à Washington, il élargit son travail d'enquête aux questions de terrorisme. Début 2008, il intègre le service international où il ajoute à ses dossiers la couverture de l'Afghanistan et du Pakistan et se spécialise sur les questions liées au renseignement.
Il est l'auteur d'une dizaine d'ouvrages dont
La Guerre des parrains corses (Flammarion, 2013),
Parrains corses, la guerre continue (Plon, 2019),
La Guerre secrète des espions (Plon, 2020) et
Mafia Corse (Robert Laffont, 2022).